Setelah Jepang menyerah, pemerintah Belanda masuk kembali ke Indonesia. Pada 1 September 1948 oleh pemerintah Belanda Perguruan Tinggi Kedokteran dengan nama Facultiet der Geneeskunde di Jakarta dan cabangnya di Surabaya yang dipimpin oleh Prof. A.B. Droogleever Fortuyn, seorang pakar ilmu Hewan dan Genetika.
Selanjutnya pada tahun 1949-1950 dipimpin oleh pakar biokimia dan ilmu faal Prof. G.M. Streef (1949-1950).
1 April 1950, Prof. G.m. Streef menyerahkan jabatan ketua Faculteit der Geneeskunde kepada Prof. Dr. M. Syaaf. Dimasa Pemerintahan Republik ini nama Faculteit der Geneeskunde diganti menjadi Fakultet Kedokteran di Jakarta serta cabangnya Fakultet Kedokteran Surabaya.
Surabaya menjadi prioritas utama bagi pendirian universitas baru. Menteri pendidikan pada waktu itu, Muhammad Yamin berpendapat, di Surabaya sudah ada beberapa fasilitas pendukung pendidikan warisan kolonial yaitu NIAS beserta kelengkapannya.
Pendirian Universitas di Kota Surabaya merupakan tindakan yang bertanggung jawab dan memenuhi cita-cita masyarakat Jawa Timur dan bangsa Indonesia. Cita-cita itu adalah:
“Dengan mengakhiri fase perdjuangan untuk mentjapai dan menegakkan kemerdekaan, maka perdjuangan Bangsa Indonesia pada dewasa ini memasuki tingkatan pelaksanaan pembangunan. Pembangunan dalam lapangan tehnik, indonesianisasi, perekonomian dan industrialisasi, perkembangan kesenian dan kebudajaan umumnya ditudjukan kepada tertjapainya kesedjahteraan dan kebesaran Bangsa dan Negara. Guna pembangunan itu, maka dibutuhkan tidak hanja tenaga kedjuruan menengah jang tak terbatas banjaknja, akan tetapi djuga tenaga ahli bagian atas jang berpendidikan tinggi dalam djumlah jang besar”.
Pada hari Rabu, 10 November 1954. Presiden RI Ir. Soekarno meresmikan berdirinya Universitas Airlangga. Universitas Airlangga adalah universitas pertama yang didirikan pemerintah setelah bubarnya Republik Indonesia Serikat (RIS) dan berdirinya kembali Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).
Pendiriannya dengan menggabungkan cabang dua universitas berbeda di Surabaya, yaitu Fakultas Kedokteran dan Lembaga Kedokteran Gigi cabang Universiteit van Indonesia cabang Surabaya yang didirikan Negara federal, serta Fakultas Hukum cabang Universitas Gadjah Mada yang didirikan pemerintah republik.
Universitas Airlangga universitas pemersatu, pendirian Universitas Airlangga adalah penyatuan dua institusi berbeda dan secara politis pernah berseberangan. Spirit persatuan inilah yang Presiden Soekarno hidupkan dalam menghadapi berbagai tantangan dan perubahan.
Gedung ini pada masa NIAS belum menggunakan lambang “Cap Garuda Muka”. Garuda muka melukiskan Burung Garuda Wahana Wisnu memegang sebuah guci berisi air “Amartha” yaitu dapat menghidupkan kembali apa yang telah mati, artinya ada kehidupan abadi jika mahasiswa mendapatkan ilmu pengetahuan dari sumber keabadian tersebut. Cap Garuda Muka ini dipergunakan sebagai cap resmi bersamaan dengan pendirian Universitas Airlangga dengan PP RI No. 57 tahun 1954. Patung Wisnu yang terdapat di halaman depan Fakultas Kedokteran dibuat di Yogyakarta dan juga merupakan pemberian pemerintah sebagai hadiah.
Nama Airlangga diusulkan oleh Prof. Muhammad Yamin, S.H. dan diterima oleh PJM Presiden serta disetujui oleh Prof. A.G. Pringgodigdo. Digambarkan bahwa Raja Airlangga sangat dekat dengan masyarakat Jawa Timur dan Airlangga juga menjadi kebanggaan, tauladan rakyat. Tokoh yang banyak membantu dalam memaknakan nama Airlangga adalah Prof. De. Casparis.-
