Berawal dari koleksi binatang peliharaan H.F.K. Kommer, seorang wartawan kenamaan di Surabaya inilah Kebun Binatang Surabaya didirikan. Kommer adalah seorang Indo-Eropa. Ayahnya merupakan perwira KNIL (Koninklijk Nederlands-Indische leger) seorang berkebangsaan Jerman dan ibunya berdarah campuran Prancis-Belgia dan Jawa. Kommer memulai karirnya di tahun 1892 sebagai pegawai pemerintahan di Stasiun Pelayanan Telegraf selama 8 tahun di Batavia. Selain menjadi seorang wartawan, Kommer juga menulis cerita dan artikel redaksional dalam bahasa Melayu. Salah satu karya sastranya yang terkenal adalah ‘Tjerita Nji Paina’ tahun 1900.
Tahun 1902, Kommer pindah ke Surabaya. Di Surabaya Kommer menjadi seorang editor sekaligus redaktur di ‘Pewarta Soerabaia’. Hobi Kommer sebagai kolektor binatang sudah sejak usia remaja. Ia sering melakukan ekspedisi untuk mengumpulkan binatang-binatang dan memeliharanya di halaman rumahnya di Jl. Kaliondo. Di tahun 1912, karena kegemarannya mengumpulkan binatang, Kommer lebih dikenal sebagai kolektor hewan dan pemburu ular oleh warga Surabaya.
Awalnya Kommer tidak berniat mendirikan kebun binatang. Kommer hanya memiliki kesenangan memelihara binatang, terutama binatang asli Indonesia yang didapatnya dari hasil berburu dan pemberian teman-temannya. Koleksi binatang yang semakin bertambah membuat Kommer akhirnya kesulitan untuk memilihara semua binatang koleksinya yang tentunya membutuhkan biaya yang tidak sedikit. Ketika kesulitan tersebut disampaikan Kommer kepada teman-temannya, mereka memberikan saran untuk membentuk suatu wadah organisasi. Organisasi tersebut diberi nama Vereniging Soerabaiasche Planten en Dierentuin (Perkumpulan Pecinta Botani dan Binatang Surabaya). Dengan adanya wadah berupa organisasi maka dapat dilakukan penggalangan dana untuk biaya operasional dan perawatan binatang-binatang tersebut. Teman-teman Kommer yang kaya, birokrat dan pengusaha juga bersedia membantunya.
Kebun Binatang Surabaya didirikan pada 31 Agustus 1916 dengan nama Soerabaiasche Planten En Dierentuin yang artinya Kebun Botani dan Kebun Binatang Surabaya. Koleksi binatang peliharaan Kommer menjadi koleksi awal KBS yang waktu itu berada di halaman rumahnya di kawasan Kaliondo Surabaya.
Pendirian kebun binatang atau dierentuin di Kaliondo berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Jenderal nomor 40. Pengurus pertama Kebun Binatang Surabaya terdiri atas :
Ketua : Mr. J.P. Mooyman
Sekretaris : A.H. de Wildt
Bendahara : P. Egas
Anggota : F.C. Frumau, A. Lenshoek, H.C. Liem, J.Th. Lohman, Edw. H. Soesman
dan M.C. Malik
Nama Kommer sendiri tidak tercatat sebagai pengurus, karena ia memang menyerahkan urusan keorganisasian kepada temn-temannya.
PINDAH LOKASI
Tanggal 28 September 1917, Kebun Binatang Surabaya yang awalnya berada di Kaliondo pindah ke daerah Grudo di kawasan Pandegiling. Seiring dengan meningkatnya jumlah satwa, maka diperlukan lahan yang lebih luas. Dengan bantuan perusahaan bernama Bouwmaatschappij Koepang, pengurus kebun binatang menyewa tanah dan bangunan-bangunan bekas sebuah pabrik gula. Selama tahun 1916, Kebun Binatang Surabaya belum dikomersilkan, dan setelah pengembangan di Grudo pun masih bebas tiket masuk. Namun semakin lama, biaya perawatan semakin tinggi dan dana dari donatur pun tidak mencukupi, sehingga pada April 1918, Soerabaiasche Planten en Dierentuin pertama kali memungut tiket masuk dengan meminta izin Direktur Dinas Pendidikan dan Kebudayaan (Onderwij dan Eeredienst). Biaya tiket masuk Kebun Binatang Surabaya saat itu adalah 10 sen untuk orang pribumi dan 20 sen untuk orang non pribumi.
Belum dua tahun di lahan baru, persoalan sempitnya lahan kembali menjadi kendala. Koleksi kebun binatang ini semakin bertambah begitu pula dengan jumlah pengunjungnya. Pengurus kebun binatang pun melakukan usaha dengan melobi perusahaan trem uap Jawa Timur, Oost Java Stoomtram Maatschappij (OJS). Tahun 1920, OJS yang memiliki stasiun trem uap di Wonokromo menyerahkan lahannya seluas 30.400 m2 di daerah Darmo. Dalam perjalanannya, Kebun Binatang Surabaya pernah beberapa kali mengalami krisis, dan pada tanggal 21 Juli 1922 para pengurus sepakat membubarkan diri. Namun, pihak Pemerintah Kota (Gemeente) Surabaya turun tangan dan mengadakan rapat anggota pada 11 Mei 1923.
Tahun 1925 dibentuk pengurus baru dan pada tahun 1927, Dewan Perwakilan Kota mengeluarkan Gemeenteraad no. 142 tertanggal 3 Juni 1927 untuk mendukung perbaikan manajemen kebun binatang. Berdasarkan keputusan Gemeentraad tersebut Gemeente Surabaya mengambil lahan seluas 32.000 m2 yang disediakan Oost Java Stoomtram Maatschappij untuk perluasan kebun binatang. Tidak hanya lahan, biaya perbaikan kebun binatang juga ditanggung oleh Gemeente Surabaya. sejak Pemerintah Kota Surabaya turut campur dalam mengelola, Kebun Binatang Surabaya mengalami perbaikan hingga tahun 1940, sebelum Perang Dunia II, jumlah kunjungan semakin bertambah. Namun, pada masa pendudukan Jepang, pengelolaan Kebun Binatang Surabaya tidak diperhatikan lagi oleh pemerintah Jepang.-
